加强生态系统管理 保护海洋生物多样性
将生物多样性因素纳入海洋相关规划立法政策等方面
国家对海洋生物多样性保护日益重视，在《国民经济和社会发展“十一五”规划纲要》中，首次将海洋领域提升为专章，强调要“强化海洋意识、维护海洋权益、保护海洋生态、开发海洋资源、实施海洋综合管理、促进海洋经济发展”。
目前，国家正在制订实施“全国主体功能区规划”，也将海洋生物多样性因素纳入，即根据海洋资源环境承载能力和已有开发密度及发展潜力，在海洋功能区划基础上，对我国管辖海域进行分析评价，明确各类海洋主体功能区的数量、位置、范围，以及每个主体功能区的定位、发展方向、开发时序、管制原则和政策措施等。这些主体功能区中包括海洋自然保护区、特别保护区等以海洋生物多样性保护为核心的功能区类型。
2008年初，国务院批复《国家海洋事业发展规划纲要》，明确要求保护海洋生态环境，加快实施以海洋环境容量为基础的污染物排海总量控制制度，并以此为依据制定相关具体规划，其中将海洋生物多样性相关的海洋生态环境保护作为专门章节进行详细规划。
国家海洋局等部门2006年联合制定了《国家“十一五”海洋科学和技术发展规划纲要》，在规划目标、发展思路、重点任务等方面考虑了海洋生物多样性保护的相关因素。
经过两年努力，国家发改委、国家海洋局、环境保护部等部门联合编制完成了《渤海环境保护总体规划》，对渤海区域海洋生物多样性保护作出了详细规划，并安排了多项具体保护项目。
目前，全国10个沿海省份已经编制完成海洋功能区划并得到国务院批准后开始实施，沿海市县两级海洋功能区划已经基本完成编制。通过海洋功能区划对近海及海岸带资源开发和生态保护进行详尽的空间布局，规定出每一类海洋生物多样性保护区域如典型海洋生态系统集中分布区、珍稀濒危海洋生物的重要栖息地、各类海洋保护区的空间范围，并禁止其他海洋开发活动在这些区域擅自实施。
目前，国家海洋局已经开始着手制定海岸保护与利用规划，加强了对围填海这类对海洋生物多样性影响最大的海洋开发活动管理，从消极防范转变为积极引导和有序管理。通过海域使用和海洋工程环境影响评价审批，在项目选址、用海面积、填海方式、平面布局、环保对策等方面提出优化和改进意见。
在海洋立法方面，2006年国务院制定出台了《防治海洋工程建设项目污染损害海洋环境管理条例》，对海洋工程开发建设影响到海洋生态及生物多样性作出了具体规定。全国人大常委会已经将《海岛保护法》列入2008年立法计划。
国家海洋局等部门2007年全面启动了海岛规划、立法、政策研究和保护区建设等工作，制定完成了相关多项政策、规划和规章，对海岛生物多样性保护起到了重要作用。特别是为保护海岛生态与生物多样性，组织完成了《全国海岛特别保护区选划建设工作方案》，对具有重要生物多样性保护价值的海岛通过特别保护区形式实施保护。
通过加强海洋生态系统管理促进生物多样性保护
近年来，各级海洋行政主管部门通过采取多种形式的海洋生态保护措施，使海洋生物多样性保护取得一些成效。
在海洋保护区方面，几年来全国沿海地区新选划建立了50多处地方级海洋自然保护区，其中山东、广东3处保护区经国务院批准升级为国家级自然保护区。同时，海洋特别保护区建设获得“零”的突破，全国沿海地区已选划建立了11处海洋特别保护区。
在加强现有海洋保护区管理方面，组织开展海洋保护区调研评估和培训交流，制定出台了一系列海洋保护区海监队伍设置、海洋保护区海域使用管理、海洋保护区内开发活动审批管理等方面的规章制度，以及《海洋自然保护区建设管理技术规范》等国家标准。海洋特别保护区方面出台了《海洋特别保护区管理暂行办法》等规章制度。目前，海洋保护区选划建设和监督管理已成为各级海洋行政主管部门的重要职责，各类海洋保护区管理机构深入开展了规划编制、执法巡护、基础建设、科研调查、生态监测、灾害防治、教育宣传、公众参与、对外合作等各项管理工作。
在海洋生态调查方面，组织开展了我国首次海洋生态专项调查，发现了许多海洋生态新的重大问题，对海洋生态整体状况作出了基本评价。发布施行《海洋溢油生态损害评估技术导则》（HY/T095-2007），探索海洋生态损害评估与补偿制度建设。
在海洋生态修复领域，沿海地方海洋部门也积极开展了形式多样的海洋生态恢复项目，如山东半岛实施了“底播增殖”工程，辽宁、江苏和厦门沿海开展了滨海湿地恢复整治项目，福建实施治理海岛生态破坏的“封岛栽培”工程，广东和浙江实施人工鱼礁工程，广西沿海开展了人工种植红树林项目，海南省开展了人工恢复珊瑚礁试点等等。在海洋生态恢复项目实施过程中，许多都与沿海各地的海洋生物资源恢复、海洋污染治理、海洋灾害防治、海洋渔业结构调整、发展滨海旅游相结合，取得了综合效益。
进一步运用生态系统方式保护海洋生物多样性
2008年初，国务院批复《国家海洋事业发展规划纲要》，明确要求要逐步实施以海洋生态系统为基础的海洋区域管理，该规划的基本原则之一也是实施以海洋生态系统为基础的海洋区域管理，并确定了“十一五”期间“以生态系统为基础的海洋区域管理模式和海洋管理协调机制初步形成”。在《国家海洋事业发展规划纲要》中，明确了海洋生态保护要坚持陆海统筹、河海兼顾原则，重点海域以海定陆，促进海洋生态自然恢复。开展近海生态健康和生物多样性状况调查与定期评价，推进黄海、东海和南海大海洋生态系的监测与评估。加强海洋生物物种的研究和保护，开展珍稀濒危物种监测救护和繁育养护，建立海洋生物基因库，防治外来海洋生物入侵。加强海洋生物多样性、重要海洋生境和海洋景观的保护。依法加强海洋渔业管理，保护近海渔业资源，合理布设人工鱼礁，继续开展人工放流，继续实施渔船控制、限额捕捞制度。重点实施红树林、海草床、珊瑚礁、滨海湿地等典型海洋生态系统的保护、恢复和修复工程。推进海洋保护区网络建设，海洋保护区总面积达到管辖海域面积的5%。制定海洋生态受损评估标准，开展海洋生态补偿机制研究。利用生物技术发展海洋生物资源高新产业。建立海洋循环经济示范企业和产业园区，在滨海湿地、河口三角洲和海岛等特殊海洋生态区，发展高效海洋生态经济。建立和完善海洋管理的公众参与机制。
为了进一步加强海洋生态对海洋经济发展的基础调控作用，目前已着手在东南沿海建立实施海洋生态调控与总量控制的试点区域，研究制定海洋生态功能区划和污染物排放削减控制规划，落实海域生态调控措施。根据近年来海洋环境监测评价结果和海洋功能区的环境保护要求，建立海陆相关部门与区域地方政府的联动机制，实施禁止、限制、优化开发等海洋环境保护宏观调控措施。对不符合海洋功能区划和海洋环境保护规划、不符合国家节能减排政策要求的海洋开发项目一律不审批。对于生态脆弱、污染突出、灾害频发的区域，适时适度调控海域使用方向和规模，直至采取特定时间内海区关闭制度，杜绝一切污染排放工程运转，切实在短时期内实现以海洋功能区达标为导向的污染物控制目标。
目前，各级海洋主管部门正全面深化海洋生态监控区工作，重点监测和评价海洋生态结构、过程和功能相关指标，并开展气候变化海洋生态敏感区监测与评价。同时，大力增强海洋生态调控工作，按照关键海洋生态问题和海洋开发压力，对18个海洋生态监控区实施分区和分类管理。通过合理布局及禁止、限制、优化开发措施实现海洋生态调控目标。对已建立海洋自然保护区的生态监控区，查清当前海洋生态存在的问题，严格执行禁止开发政策，通过加大海监执法查处破坏海洋生态行为。对海洋生态基础条件较好的生态监控区，结合生态监控评价结果建立海洋特别保护区，实施限制开发的监管措施；对海洋生态保护价值较大但遭受一定破坏的生态监控区，实施海洋生态修复试点，采取优化开发措施；对范围较大并已受到开发活动严重影响和破坏的生态监控区，向所在地政府提出有针对性的海洋开发引导措施，并推动落实。
对今后加强海洋生物多样性保护重点对策的思考
应开展重点海域海洋生物多样性普查、评估和规划工作，在此基础上划定重点敏感海洋生态区域，特别是对气候变化敏感的海洋生态系统。
抓紧新建一批海洋自然保护区和特别保护区，并加强现有保护区的建设和管理，逐步形成全国海洋保护区网络。
依法行政、严格管理、强化监督，切实防止大规模海洋开发对各类典型海洋生态系造成破坏，严格控制特殊海岸自然、人文景观及海岛生态的开发强度。
开展海洋生态恢复，重点是滨海湿地、红树林、珊瑚礁、海草床等易受气候变化影响的典型海洋生态系统修复示范工程，使生态系统重要功能得到初步恢复。
开展以生态系统管理为基础的区域海洋生态保护试点，探索创立海洋生态经济的发展模式，协调好海洋资源开发与生态保护。
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