在微观层面上，现行《环境保护法》在环境保护法基本原则，环境保护基本制度，环境权确认和保护以及环境保护法律实施和救济等方面均存在有待完善之处。

　　现行环境保护法规定的一些基本原则已经过时。《环境保护法》第24条规定了“谁污染、谁治理”原则。从字面上即可以看出，该原则仅适用于污染治理领域。而现实的环保工作已经涵盖了污染防治、自然资源保护和生态保护等各个方面。并且国务院《关于环境保护若干问题的决定》规定了更为全面和科学的“污染者付费、利用者补偿、开发者保护、破坏者恢复”原则。但是，该决定仅仅是一个行政法规的规定，效力等级太低，使得该原则无法作为整个环境资源法的基本原则来指导环境于资源保护工作。第6条略微体现了环境责任原则，但是只是从单位和个人对污染和破坏环境行为的检举权角度来暗含的，没有明确规定，并且有以下的局限性：限于环境污染和破坏行为，而未包括开发、利用自然资源行为；主体限于生产者，而未及消费者和监管者。因此，应当整合第24条和第6条的规定的精神，并以当今先进的环境法理念为指导，确定环境责任原则，该原则涵盖了污染者付费、利用者补偿、开发者保护、破坏者恢复、消费者最终承担、受益者负担和主管者负责等子原则。《环境保护法》第8条规定：“对保护和改善环境有显著成绩的单位和个人，由人民政府给予奖励。”这体现了鼓励参与环境保护的原则。但是，该规定对于调动公众积极性是十分不够的。应该规定在确立公民环境权的基础上全面而切实的规定公众参与原则，其内容应包括：建立环境重大事项公众意见征求制度；环境影响评价过程中的公众参与保障；对于社会团体开展环保工作的法律保护机制等。再如前述经济建设与环境保护相协调原则应该修正为可持续发展原则。

　　在基本制度方面，现行环境保护法确立的环境保护的基本制度存在不适应市场经济的要求、适用面过于狭窄等问题。之所以说不适应市场经济的要求，是因为现行环境法是在计划经济时代形成的，主要强调命令加控制的手段来解决环境问题。尽管政府的行政控制手段在治理污染方面有其积极作用，但也存在诸多问题，如环境保护部门经费不足、人力资源缺乏、手段单一、程序不完备甚至寻租等。 随着经济发展，污染问题带来的社会矛盾已经日益明显，环境保护工作已经不能靠简单的行政命令式、事后制裁型的模式进行，而应该更多地采取经济手段和法律手段。原有的计划经济手段由于没有将主体的环保努力与其经济利益联系，既不能遏制污染的扩展，又不能驱动主体减少排放量。现行环境保护法确立的环境保护的基本制度有排污收费制度、限期治理制度、环境影响评价制度和“三同时”制度。下面就具体的各个制度逐一分析。我国现行的排污收费制度实际上实行的是双轨制，即对水污染和大气污染实行的是排污即收费制度，而对于其他环境因素的排污是超标才收费。“在实际工作中，经常发现有些法律规定跟不上形势需要的情况，也就是立法工作不到位的问题。如超标排污是否构成违法的问题，我们认为超标排污就是违法，不能以缴费代替。但现在法律规定是超标缴费，并不予以处罚。这就难以禁止超标排放污染物的问题，这就是立法工作跟不上环保工作形势需要”。 而且目前的排污收费仅限于企事业单位，而未对党政机关、人民团体和个体工商户以及居民家庭征收排污费；收费标准仅有浓度，而无量的标准，不利于环境保护。限期治理制度中，限期治理决定权的归属不合理。环境保护法第29条第2款规定：“中央或者省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，由省、自治区、直辖市人民政府决定。市、县或者市、县以下人民政府管辖的企事业单位的限期治理，由市、县人民政府决定”。首先，决定权由政府而非环境保护部门行使，会造成政府出于经济效益的考虑而执行不力；再者，污染项目不分大小，均由一级政府决定，会造成政府工作量大，而无力及时处理小规模的污染项目。环境影响评价制度存在的问题有二：首先，该制度适用范围仅限于污染防治领域，应该扩大到生态保护领域；其次，目前的环评执行时间在可行性研究阶段，而在项目立项之后。在实践中，政府部门一旦立项，并开展了相关工作，出于惯性就很难因为环境保护而取消项目，而从经济学角度，先立项再环评，不通过再撤销，会造成社会财富的极大浪费。因此，应该在立项之前就进行环境影响评价。环境法第26条规定了“三同时制度”，存在的问题一是适用范围过窄；二是未解决分散治理与集中控制的矛盾。应该明确规定项目已执行“三同时”制度，还应参与集资建设集中处理设施。

　　我国现行法律（包括环境保护法）没有明确规定环境权。只是在有关法律条文中推出环境权的内容，如现行《环境保护法》第6条和《民法通则》第83条的规定等。 环境权是一种自然权利和法律规定的新型人权，是公众行使参与权的基础，因为公众行使程序上的参与权，必须有实体法上的环境权的支撑。所以，应该修改《环境保护法》，明确规定公民享有环境权，即公民拥有享有良好、舒适环境的权利和承担保护环境的义务。为保证环境权的实现，同时赋予公民和有关社会组织享有环境知情权、环境参与权和环境索赔权。环境知情权包括了解、掌握环境公共信息（如环境状况公报、空气质量日报等）和环境个别信息（如某个污染企业的排污数据等，包括国家环保总局要求的污染严重企业公开其环境信息）的权利；环境参与权包括参与国家环境管理的预测和决策、参与资源开发利用的环境管理和制度的宣传和实施公益性环保活动及对环境管理机关的监督；环境索赔权亦称环境请求权，包括向有权机关请求取消或停止对环境产生不良影响的项目及其运营，并有权向法院提起环境损害赔偿诉讼等。

　　在环境保护法的执行保障上，存在着行政管理权限设置不科学、环境执法强制力不够、政府责任不清晰、环境违法的法律责任规定过轻且不明确

　　环境保护法第7条规定：“国务院环境保护行政主管部门，对全国的环境保护工作实施统一监督管理。县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门，对本辖区的环境保护工作实施统一监督管理。国家海洋行政主管部门、港务监督、渔政渔港监督、军队环境保护部门和各级公安、交通、铁道、民航管理部门，依照有关法律的规定对环境污染防治实施监督管理。县级以上人民政府的土地、矿产、林业、农业、水利行政主管部门，依照有关法律的规定对资源的保护实施监督管理。”该条规定实际上对权力的界限的规定十分模糊，也没有规定权力行使的程序，没有部门权力冲突时的解决方案。因此，极易出现有好处的事项各部门争着管辖，反之，则相互推诿的情形的出现，与有权必有责、用权受监督、侵权要赔偿的法治政府的理念相冲突。环境保护法第7条规定的我国环境监督管理体制可概括为：中央与地方分级管理；环境保护行政主管部门统一监督管理，即主管；公安、交通等其他有关部门监督管理，即分管。这种双重管理体制，容易造成环境监管上的受政府地方保护干扰的情形；且环保部门作为环境统一监管部门与政府其他部门的职责权限尚未划清，缺乏协调机制。

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