尽管青藏高原海拔高、空气稀薄、干旱、严寒，对人类生存不易，许多地方至今人迹罕至，但生物多样性同样受到日益加重的威胁，威胁主要有三个方面：

    (1)边缘地区森林采伐

    森林采伐一方面使许多优良珍贵树种越来越少，另一方面也威胁到林间植物和生活在森林中的动物，受威胁的植物如喜马拉雅白皮松(Pinus geradiana)和长叶云杉(Picea smithiana)等；受威胁的动物有塔尔羊(Hemitragus jemlahicus)和赤斑羚(Naemorhedus cranbrooki)等。

    (2)对野生动、植物的滥捕滥猎和滥采乱挖

    例如在西藏康西瓦谷地和斑公湖畔，原有的大片秀丽水柏技(Myricaria elegans)已被砍伐殆尽，所剩无几。在许多地区，砂生槐(Sophora moorcroftiana)和驼绒藜(Ceratoides spp.)被大片连根挖掉，供作薪柴。在高原北缘部分地区，近几年来经常有不法分子持枪荷弹，猎杀野牦牛、藏野驴(Eguus kiang)和藏羚(Pantholops hodgsoni)等。

    (3)淘金农民大批涌入猎杀野兽，破坏植被

    在高原北部高寒草原及其毗邻的高寒荒漠生态系统中——如可可西里山地区，自80年代后期起，每年有成千上万淘金农民涌进该区掘地淘金，造成被翻挖的泥坑在沟谷两旁星罗棋布，数以万计。不仅破坏了原野地的自然景观，原始植被也被新土掩埋。另一方面，在淘金者所到之处，生活垃圾废品到处堆积污染环境，并留下一道道数十或上百公里长的车道，车道上植被荡然无存；与此同时，他们还经常盗猎珍贵动物作食物。对生物多样性造成很大破坏。

    (4)盲目发展牲畜头数，使草场超载过牧，引起草场退化

    青藏高原共有牧场150多万km²，近40多年来，家畜总头数增加将近2倍，造成严重超载，使大片草场退化，生物多样性降低。例如，高原东部的苦尔盖牧场已出现沙化，面积由70年代的1100hm²扩展到80年代的2900多hm²以上。

此外，牧民不断迁入高原北部无人区，带去大量家畜，对天然植被也造成一定破坏。

    在各种破坏因素的综合影响下，已知有些物种数量趋于减少，走向濒危。

    据初步统计(包括边缘山区)，植物方面已知受威胁或濒危的有35种，如雨蕨 (Gymnogrammitis dareiformis)、巨柏(Cupressus gigantea)、全绿冬青(Ilex integra)、西藏八角莲(Dysosma tsaynansis)、西藏梨头尖(Typhonium austrotibeticum)、宽果丛菔(Solmslaubachia eurycarpa)、藏瓜(Indofeviliea khasiana)、藏豆(Stracheya tibetica)和青海茄参(Mandragora chinghaiensis)等。陆栖脊椎动物中，哺乳类濒危物种有38种，如雪豹(Panthera uncia)、猞猁(Lynx lynx)、藏原羚(Procapra picticaudata)、普氏原羚(P. przewalski)、北山羊(Capra ibex)和盘羊(Ovis ammon)等；鸟类为49种，如秃鹫(Aegypius monachus)、金鵰(Aquila chrysaetos)、草原鵰 (Aquila rapax)、玉带海雕(Haliaetus leucogaster)等猛禽以及藏鹀(Emberiza kozlowi)和藏雀(Kozlowia roborowskii)等。而爬行类和两栖类的情况尚待进一步了解(表8)。

表8 青藏高原濒危及受威肋物种的初步统计