一般认为，生态系统是指一定空间中的生物群落（动物、植物、微生物）与其环境组成的系统，其中各成员借助能量交换和物质循环形成一个有组织的功能复合体。在生态学中，具体的生物个体和群体生活地区内的生态环境称为“生境”（habitat）。在生境各个要素中，水又具有特殊的不可替代的重要作用。水是生物群落生命的载体，又是能量流动和物质循环的介质。生境中的主要因素称为生态因子（ecological factors）。在水库生态系统中，水库面积、水深、流速、流量、水温、水深、水质以及水文周期等，都是重要的生态因子。

1 生物群落与生境的统一性

 　　有什么样的生境就造就什么样的生物群落，二者是不可分割的。如果说生物群落是生态系统的主体，那么，生境就是生物群落的生存条件。一个地区丰富的生境能造就丰富的生物群落，生境多样性是生物群落多样性的基础。如果生境多样性受到破坏，生物群落的性质、密度和比例等都会发生变化，生物群落多样性必然会受到影响。在生境各个要素中，水又具有特殊的不可替代的重要作用。

2生态系统结构的整体性

　　从生物群落内部看，整体性是生态系统结构的重要特征。一旦形成系统，其内部各要素不能被分割而孤立存在。如果硬性分开，那么分解的要素就不具备整体性的特点和功能。在水库淡水水域中，各类生物互为依存，互相制约，互相作用，形成了食物链结构。一个生态系统的生物群落多样性越丰富，或者说食物链越复杂，形成三维的网状结构称为“食物网”，这种复杂的食物网组成的生态系统稳定性越高。另外，一个健康的水库淡水生态系统，不但生物物种的种类多，而且数量比较均衡，没有哪一种物种占有优势，这就使得各物种间既能互为依存，也能互相制衡，使生态系统达到某种平衡态即稳态，这样的生态系统功能肯定是完善的。反之，如果一个淡水生态系统的生物群落内比例失调，会造成整个系统恶化。

3自我修复功能与自我净化功能

　　水库生态系统结构的另一个重要特征是具有自我修复功能和自我净化功能。在长期的进化过程中，形成了同种生物种群间、异种生物种群间在数量上的调控，保持着一种协调关系。水体自我修复能力，也是水库生态系统自我调控能力的一种。在外界干扰条件下，通过自我修复，保持水体的洁净。由于具有这种自我修复功能和自我净化功能，才使淡水生态系统具有相对的稳定性。

　　所谓稳定性具有两层含意，一是指对于外界干扰的适应性或称为弹性，二是在受到干扰后回到原平衡态的恢复能力。生态系统的稳定性是相对的，其适应性也是有限的。所谓弹性限度也就是淡水生态系统对外界干扰的承载力。当超过某一个弹性限度，生态系统将出现一种不断远离平衡点的正反馈，加快系统失稳，常以爆发的方式导致系统的全面恶化。

　　健康的淡水生态系统是一个生物群落多样性丰富的系统，是一个食物链（网）结构复杂而完善的系统，是一个物质循环、能量流动及物种流动通畅的系统。

　　水，是水库生态系统的重要要素，是生态系统的动脉。水库生态系统对于人类的生态系统服务是多方面的。水域、湿地为人类提供食品及其它生活物资；对气温、云量和降雨进行调节，在全球、流域、地区和小生境等不同的尺度上影响着气候；对水文循环起调节作用，具有缓解旱涝灾害的功能；优美的水域景观具有休闲旅游功能。水库生态系统具有的净化环境的功能，对于人类的生存环境具有关键意义。水生植物可以吸收、分解和利用水域中氮、磷等营养物质以及细菌、病毒，并可富集金属及有毒物质。生物净化过程，是在淡水生态系统的食物链（网）中进行的复杂的生物代谢和物理化学过程。通过这个过程，水体中的各种有机物和无机物的溶解物和悬浮物被截留，有毒物质被转化，可以防止物质的过分积累所形成的污染，从而清洁了水体。水体的自我净化、自我修复功能，是水域生态系统极为宝贵的服务功能。