关于历史上乡村治理的文字记载较少，这与“皇权不下县”有关。费少通的《江村经济》和于建嵘的《岳村政治》可说是开了先河。在上一个世纪的百年间，专门研究乡村治理的著作，学界公认的只有中国社科院赵秀玲的《中国乡里制度》，这本书也就20多万字。如果要对历史上的乡村治理作一个概括的话，就是以对全体乡村居民进行什伍编制为起点，以“什伍相保”、“什伍连坐”为基本组织原则，以按比户口、宣布教化、督催赋税、摊派力役、维持治安、兼理司法为职能，被称为“民治之基”。目前一些地方让有钱的老板带资到村里竞选，是古代乡村“职役制”的影子。在理论上，真正能解释中国乡村治理的，百年以前的思想家只有两位，一是王船山，后是马克思。他们都是他们之前的思想集大成者。
改革开放30年来，尤其是党的十六大以来，在劳务输出地的农村基层社会，发生了深刻的变化，人员的活动半径迅速扩大，城乡社会的联系日益紧密，行政集权大为加强，人们的生活走向程序化。由此，一系列治理上的传统职能已大量消亡，农业税已免除，社会救助、基建投资、教育、卫生、司法等大量行政性的工作已上收为“以县为主“，即便是教化一类人对人的工作，也由信息化如电视、网络、电话等所大量替代。一句话乡村治理的事项走向细小化。
在这种新的形势下，农村基层的治理，要坚定不移地依法实行村民自治。
一是明确村一级的职能。村一级的主要职责，大体上是两类，一是“代理”，代理上一级做好一些基础性和终端性的工作，如粮补造册等。二是从实出发，自我治理。
二是要不断完善自治的内容和方式。要坚持以村民民主选举为核心的民主自治制度，即便是紧急和特殊情况下，村班子确不适应时，也只能由村民决定是否提前换届，而不能外部替代。选出来的村干，自然会对选票负责。“矮子里选将军”也要在村内选。因此，凡是派驻村里任职的国家干部，原则上限期撤回。大学生进村主要是锻炼，为党和国家培养深知农村的后备干部队伍，而不是就业，更不是替代村民自治。类似“职役制”的村官不要提倡。村干的编制要从实际出发，劳务输出多的村，在村的只有“蹒跚的老人”和“无妈的孩子”的村，原则上党支书和村主任“一肩挑”，选上村主任的同时任党支部书记。不能因为村官的补贴，精简了的人数又开始膨胀。现有的离任村官的补贴面可维持不变，但离任村官的待遇，最终要走向与村民养老并轨。村官的年龄可不受限制，以村民满意为准，与历史上的“三老”制类似，一身而二任。村主官的财政补贴应适当增加，“省官以清吏治，增俸以责官廉”。要努力减少对村民事务包括种植计划的行政干预。
三是不宜轻意并村。现有的行政村，大多是1962年“四固定”时划定的，运行数十年来，已形成一定的习惯，也存在不少遗留问题，如债务和资产。即便是目前在村人员较少，也不要轻意合并。随着农村常住人口的减少，村一级的行政区划肯定会发生变化，但城乡人口的流动基本稳定之前，都不要轻言并村。
四是要实行“城中村”、“郊区村”、“工矿村”和“农区村”分别对待，因地制宜，实事求是。