近几年各地撤乡并镇的实践情况显示，撤乡并镇政策取得了一定成果，在一定程度上减少了乡镇政府数量和乡镇机构数量，减轻了乡镇政府冗员现象，降低了乡镇政府的行政开支和财政负担，避免了免除农业税后农民负担反弹现象的发生。但是，我们也应该看到，在近几年的撤乡并镇过程中也产生了一系列新问题，不仅影响了农村改革的进程和步伐，而且影响了乡镇政府在农村工作中的影响力和决策，影响了农村的发展和稳定。
一是撤乡并镇后，国家行政力量从村庄的撤出，导致农民群众找乡镇政府办事难，影响农民群众与乡镇政府之间的关系。一些偏远乡镇撤并后，一些村庄距离新的乡镇政府路程比较遥远，农民群众要去乡镇政府办点事比较麻烦，成本比较高，比如农民办理结婚证需要到很远的新组建的乡镇政府办理，加重了农民的负担，也使得农民与乡镇政府之间的交流越来越少，导致乡镇政府在农民心中的地位逐步下降。
二是撤乡并镇，乡镇管辖面积扩大和人口增多，使得国家行政力量从偏远村庄撤出，以及乡镇派出所的合并，导致偏远村庄出现行政空心化现象和乡镇管理难度增加，从而让一些家族势力、非法宗教势力和黑恶势力乘机填补进来，严重危害了农村稳定和治安。村民间发生纠纷和冲突，或者村民遇到生产生活困难等问题，在撤乡并镇前，由于乡镇政府距离村庄较近，村民可以通过乡镇政府合法的行政途径加以解决，但是在撤乡并镇后，由于乡镇政府距离村庄比较远，有的一时解决不了，迫使一些村民通过私人途径解决问题，甚至是寻找黑恶势力进行调解，以解决纠纷和冲突。
三是撤乡并镇，一些承担公共服务职能的事业单位和机构同时跟随乡镇撤并而撤并，影响了农民的生产生活和农村孩子的读书，加重了农民的负担和开支。随着撤乡并镇的开展，一些在原来老乡镇的中国农业银行、邮政储蓄和农村信用合作社的网点开始撤离，集中到新组建的乡镇，甚至一些中小学也开始撤离，导致农民寻求公共服务机构的成本增加。比如领取种粮补贴，以前可以在离村庄比较近的乡镇农村信用合作社领取，现在必须到比较远的新乡镇政府所在地的农村信用合作社领取，成本比较高，使得一些农民连续几年都不愿意去农村信用合作社领取种粮补贴等惠农补贴。再比如学校的撤并，一方面导致一些很小的、独立生活能力还比较弱的农村孩子被迫去比较远的乡镇寄宿制学校读书，甚至出现老人陪孙子读书现象；另一方面导致一些孩子本可以上免费的公办学校，在公办学校撤并后被迫就读于一些路近、但学费比较昂贵的民办学校。
四是撤乡并镇，没有从根本上解决冗员现象，没有达到从根本减轻乡镇政府的行政开支和财政负担的目标，有的因为撤乡并镇，引起被裁减工作人员不满，乃至上访。首先，裁减什么样的乡镇工作人员比较困难。当前在乡镇工作的没有行政编制的工作人员，大多数是县级政府领导安排进来的，乡镇领导不敢裁减。二是被裁减的乡镇工作人员接受不了。其次，县乡两级财政困难，撤乡并镇过程中裁减的乡镇工作人员大多数采取一次性买断模式，安置费不低，县乡两级政府拿不出安置费。结果大多数地区的撤乡并镇过程中裁员出现下列现象：一是有的地方是没有关系、无编制的乡镇工作人员被一次性买断而裁减掉，有编制有关系的基本上没有被裁减；二是有的地方乡镇政府虽被撤并，但是乡镇工作人员则全部加盟新组建的乡镇政府；三是有的地方部分裁减的乡镇工作人员被安置到事业单位，其中教育系统接收了大量裁减的乡镇政府工作人员。
五是撤乡并镇，导致一些农民需要，但是经济效益低的乡镇机构被裁减，影响了农业的发展。当前大多数地方撤乡并镇都是根据经济效益和利益来实施，精简乡镇机构主要是精简无法给乡镇政府带来雄厚经济效益的机构和部门。比如不少乡镇的农技站在撤乡并镇过程中被精简，农技站的农技员不是被裁减就是转到其他部门，有的地方的农技站被改革成自负盈亏的企业单位，对农民实施收费服务，而提供农业技术的农技站恰恰是当前广大农业乡镇的农民需要的，这样的改革一是加重农民得到农业技术的负担和成本，二是导致大多数农民得不到农业技术，影响农业生产和农民增收。