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目前我国有研究生学位授予权的科研单位数量占我国研究生培养单位总数的37％，博士生导师数量占博导总数的15％但培养的研究生数量不足全国研究生总数的10％。这一方面说明大部分科研单位规模小，招生人数少，另一方面也说明在科研单位就读研究生，能得到导师更多时间的指导。初步统计显示，科研单位的研究生得到的导师个别指导时间，通常是大学的2倍。
中国科学院研究生院 理学第一名、工学第二名。中国科学院研究生院是中国自然科学最高学府，其中理学以绝对优势领先全国各大学和科研单位。中国科学院研究生院的数学、物理学、化学、天文学、地理学、地质学、生物学、力学、材料科学与工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、核科学与技术等12个一级学科在全国范围内具有明显的优势。
中国社会科学院研究生院 哲学第一名、经济学第一名、历史学第一名、法学第二名、文学第二名。中国社会科学院研究生院是中国社会科学最高学府，其中历史学、经济学以绝对优势领先全国各大学和科研单位。中国社会科学院研究生院的哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、中国语言文学、历史学等8个一级学科在全国范围内具有明显的优势。
中国农业科学院研究生院 农学第一名。中国农业科学院研究生院是中国农学最高学府且以较大的优势居于全国大学和科研单位农学之首。中国农业科学院研究生院的作物学、植物保护学、畜牧学、兽医学等4个一级学科在全国范围内具有明显的优势。
中国医学科学院研究生院（中国协和医科大学） 医学第一名。详见大学部分的中国协和医科大学。
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