水专项是《国家中长期科技发展规划纲要》确定的国家16个重大科技专项之一。仇保兴说，水专项的基本目标是要解决我国水污染重大技术瓶颈问题，为“十一五”水体污染物减排、国家重大治污和水质改善工程与规划提供关键的科技支撑。按照《国家中长期科技发展规划纲要》，水专项将注重关键技术的原始创新，从源头控制、污染治理和生态修复的全系统的集成创新，突出开发适合我国特色的“高效低耗”水体污染控制与治理和生态修复的技术体系。水专项管理办公室主任、环境保护部副部长吴晓青强调，为推动水专项成果能尽快转化和形成水污染治理的生产力，水专项还将建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新模式，使企业真正成为研发投入、技术创新和创新成果应用的主体。

　　据悉，“十一五”期间，水专项将投入112.66亿元，2008年在涉及“三河、三湖、一江、一库”等重点流域的资金投入为11.04亿元。截至目前，水专项已完成了80%%项目和课题实施方案的论证工作。