在琵琶湖的治理过程中，日本滋贺县采取了一系列的综合环境治理措施，以流域为单元、根据不同流域的不同特点分别制定对策。比如在上游地区植树造林，封山固土，防止水土流失；中游地区疏浚河道，减少各种污染；湖周围地区加强水质检测，防止环境污染；下游用水地区重点节约用水，从而达到了治山、治水和造林的综合治理目标。

　　为保护琵琶湖，日本滋贺县进行了广泛的环境保护科普教育，提高全民的环保意识，让公众共同参与环境保护。当地政府还将每年的7月1日和12月1日定为环境保护日，组织区域内居民参与清扫琵琶湖周围环境的活动，组织中小学生参观学习和植树活动，培养他们的环保意识等。