南京市将重点建设一批自然保护区、饮用水源保护区和沿江水源保护林带工程，以提高长江自净修复能力，为南京可持续发展提供可用之水、清洁之水。南京市明确规定，取水口上下游2000米范围内为水源保护区，在保护区内禁止一切与取水无关的项目和活动。

　　据南京市水利部门专家介绍，南京市2004年制定的“关于合理开发利用长江岸线资源的实施意见”中，确定了秦淮新河口———三汊河口等6处水源与生态保护区，再加上现有的北河口等水厂，南京市共划定了13处水源保护区。

　　据介绍，长江是南京的主要水源地，南京市长江岸线总长195.2公里，目前已利用了79.9公里，利用率为40.9％。除了过江交通、工业预留、城市景观、港口等岸线外，其余的岸线已经不多。

　　根据规划，到2007年，南京的森林公园和风景名胜区等重要生态功能区面积，将占沿江地区总面积的10％以上。近年内，南京市将重点建设沿江的两块生态湿地，在2007年前建成自然保护区，进行抢救性保护，防止各类开发活动侵占和破坏。与此同时，建成长江三桥至下关17公里的滨江风光带、沿江水源保护林带工程；建设一批水上森林公园；建设沿江地区山体生态绿化恢复工程等。