《补偿办法》规定，江苏省各个设区的市政府应当根据江苏省政府下达的污染物排放总量控制计划，采取有效措施削减污染物排放总量，确保断面水质达到规定的控制目标。凡是交界断面当月水质指标值超过控制目标的，上游地区设区的市应当给予下游地区设区的市相应的环境资源区域补偿资金；直接排入太湖湖体的河流，断面当月水质指标值超过控制目标的，所在地设区的市应当将补偿资金上缴省级财政。各级地方政府应当将补偿资金纳入污染防治资金，专项用于水污染治理和生态修复，不得挪作他用。逾期未缴纳的，由省财政厅从有关资金中直接代扣。

　　江苏省已率先出台了《江苏省太湖流域环境资源区域补偿试点方案》，确定即日起率先在太湖流域推行环境资源区域补偿制度。试点范围先期将选择胥河、丹金溧漕河、通济河、中河(北溪河)、南溪河、武宜运河、陈东港等河流开展试点。试点工作结束后，将在太湖流域其他主要入湖河流推行。

　　断面水质是否达到控制目标是做出补偿与否的重要条件。依照水污染防治的要求和治理成本，江苏省把太湖流域环境资源区域补偿因子及标准暂定为：化学需氧量每吨1．5万元、氨氮每吨10万元、总磷每吨10万元。单因子补偿资金为断面水质指标值减去断面目标值，乘以月断面水量，再乘以补偿标准，补偿资金为单因子补偿资金之和。

　　《江苏省环境资源区域补偿办法》的审议通过，给流域上下游行政区域的领导干部都念上了“紧箍咒”。“如果上游把通过污染环境多收到的税收作为补偿款再送给下游的话，就更是‘赔了夫人又折兵’，名利全失，显然是赔本的买卖。”有评论人士称，这样上游政府必须想尽办法保护生态环境。乍看上去，下游政府好像占尽了便宜。如果上游来水水质不达标的话，就可以得到补偿款，专项用于环境保护。可是实际上，上下游都是相对的，处在一个行政区域下游的同时，往往也是另一个行政区域的上游。更何况，如果上游来水水质达了标，下游政府就再也没有借口任由本辖区的污染任意排放，而必须担负起保护环境的责任。江苏省区域补偿的规定把流域内的行政区域串成了串，各个行政区域很难再各自为政，都要在流域环境保护中发挥作用。