1999年，FFI开始在中国青藏高原开展保护项目，2002年在北京设立办公室。之后在四川、广西、重庆建立了办公室。FFI的工作重点也逐渐确认为支持开展野生动植物的野外调查、多方参与式保护、保护能力建设等。

由于FFI通过与当地机构合作来寻找长久有效的保护措施，因此FFI时至今日都维持着较小的机构规模。FFI为地方合作伙伴提供技术、资金、建议和指导，并通过建立网络，让他们有能力实施自己的优先保护行动。FFI支持创新性的保护活动，并致力于让所有利益相关的群体——从政府、NGO、企业到社区——都参与到保护中来，采取有效的行动保护濒危物种和生态系统。

目前FFI中国项目的主要项目示范地在广西、云南、海南、贵州、四川、青海、重庆等中国生物多样性丰富，自然环境脆弱的地区。重点开展了濒危灵长类保护项目、青藏高原野生动植物和草地生态系统的保护、根据自身的特长和保护的需求，FFI正在增强对中国濒危植物保护的关注，以及对喀斯特生态系统的保护。FFI在拯救濒危物种和生态系统保护方面，开展了以下工作：

受威胁物种评估与救援——弥补物种野外信息空缺，进行快速物种现状的调查，和保护现状的评估。目前已经在海南、广西、云南等地开展多次调查，十几位名科学家参与，收集一手信息，并提出保护的对策；推动濒危物种的野外保护的紧急措施。

1） 受威胁灵长类现状评估

2） 受威胁树种现状评估

3） 青藏高原野生动物现状调查

4） 喀斯特地区生物多样性调查

保护行动与能力建设——在濒危物种和生态系统的现状评估的基础上，采取相应的行动来降低受威胁的程度。比如在保护区和当地社区内支持开展长期的野生动植物巡护和监测；协助建立自然保护区和保护小区；以及在当地通过培训等方式协助保护能力建设。

1） 受威胁灵长类监测与巡护

2） 受威胁树种保护行动

3） 高原野生动植物监测与巡护

4） 自然保护区规划与管理

5） 青藏高原草地可持续管理

多方参与保护与可持续社区——促进政府、企业、民间机构、社区、科研团体等在保护和发展层面的合作，协助发展资金的投入和保护行动的启动，努力的实践保护与发展和谐的可持续社区；

1） 以社区为基础的野生动植物保护

2） 青藏高原可持续社区发展

3） 管理导向型的参与式保护区区划

4） 保护区周边以保护为基础的发展计划

保护政策倡导和意识培养——利用实地实践积累的经验，积极参与自然保护与发展政策的制定与实施过程；通过主题活动等参与式活动，增加人们对自然的兴趣、对保护的支持。