办法规定，从2016年开始，首期筹集全省流域生态补偿资金20.91亿元，具体如下：

——整合中央专项资金。整合国家重点生态功能区转移支付资金10.91亿元。

——整合省级专项资金。整合省级专项资金3亿元用于全省流域生态补偿，其中，“五河一湖”和东江源头生态保护区奖励资金1.7亿元、省水利厅0.4亿元、省发改委0.3亿元、省林业厅0.3亿元，省环保厅0.3亿元。

——省级财政支持部分。省财政按规定新设全省流域生态补偿专项预算资金，2016年新增安排专项预算资金3亿元。

——设区市和县（市、区）级财政筹集。地方财政筹集4亿元，其中，11个设区市本级筹集1亿元，100个县（市、区）筹集3亿元。100个县（市、区）选取2014年度总人口（权重25%)、总面积（权重25%）、公共财政预算可用财力（权重40%）、人均可用财力（权重10%）4个因素，采用统一的因素法公式进行测算。11个设区市本级按照所辖县（市、区）筹集资金额度的三分之一进行测算。

——社会、市场上募集。探索依法依规从社会、市场募集生态环保类建设资金，建立生态基金，推进全省生态补偿及水环境综合治理。

办法规定，分配到各县（市、区）的生态补偿资金，由各县（市、区）政府统筹安排，主要用于生态保护、水环境治理、森林质量提升、水资源节约保护和生态文明建设相关的民生工程等。