陈吉宁说，当前长江流域开发和生态安全保护之间存在着非常尖锐的矛盾，生态环境保护面临着巨大的挑战，主要有三个方面的问题：第一，流域的整体性保护不足，破碎化、生态系统退化趋势在加剧。第二，污染物的排放量大，风险隐患大，饮用水安全保障的压力大。第三，重点区域的发展和保护的矛盾十分突出，重点湖泊富营养化，一些城市群的大气污染形势严峻，环保部正在抓紧编制长江经济带生态环境保护规划。这个规划就是要在长江经济带的发展中做好保护的顶层设计。

陈吉宁解释说，有以下几个方面的工作：一是加强流域的统筹，还是要守住空间、总量、准入三条红线，首先不能出现结构性和规模性的问题，率先划定沿江各省市生态保护红线，确定重点行业、重点企业污染物的排放总量上限和阶段性目标，根据上中下游的生态环境状况提出差别化的环境准入条件，制定重点区域产业发展的负面清单。二是要深化环保体制机制改革。长江要构建监测一体化的格局，统一布局建设生态环境监测网络。要开展环保督察巡视，重点是落实省级党委和政府及其有关部门环境保护党政同责、一岗双责。要借鉴我们国家的第一个生态补偿模式，即新安江流域的水环境补偿模式，探索建立长江流域上下游生态环境补偿的新机制。三是以保障饮用水安全为重点强化风险管理，严格控制沿江的石油加工项目的环境风险，合理布局生产装置及危险化学品的仓储等设施，特别是要依法取缔保护区内的违法排污企业，从根本上保障饮用水水源与港区、重污染企业及排污口犬牙交错等威胁饮用水的安全隐患问题。四是要加大污染治理和生态保护力度。加大太湖、巢湖、滇池、洞庭湖、三峡、丹江口库区及上游水污染防治工作，要开展三大城市群的空气质量达标管理，实施生物多样性保护重大工程，特别是要强化对自然保护区和重点生态功能区的监督检查。