据参与设计园区新排水系统的上海城建设计院副总工程师励建全介绍，世博园的排水系统紧扣“生态、经济、环境”理念，在浦西和浦东分别新建了蒙自、后滩、浦明和南码头4个排水系统及调蓄池，服务面积达6.46平方公里。园区最大排水能力达到60立方米/秒，比过去提高近一倍，完全可以和国外发达城市媲美。用上海城建设计院专家的话说：“即使是遇到大雨，游人走在世博园区道路上，鞋子也不会轻易被路面雨水浸湿。”

与传统排水系统将“雨水”连同地面及空气污染物形成的“脏雨水”直接排入黄浦江不同，覆盖世博园区所有范围的“雨污分流”系统，先将收集到的脏雨水储存在园区地下的超大容量雨水调蓄池，再送入专门污水处理厂进行深度净化后排入河道，既有利于改善河道水质、提高城市环境景观，又可有效补充周边河道用水，涵养地下水资源。

除新建排水系统以外，上海城建设计院还对唯一流经世博园区的自然河道——白莲泾进行了生态治理设计，通过污水截流、污泥清淤等措施，彻底清理白莲泾河床污泥，有效防止暴雨频发季节河水倒灌情况的发生；此外，通过在园区河道内设置生态浮岛、种植去除污染物能力较强的植物，提高水体自净能力，帮助水体生态修复，改善园区河道景观，为汛期中的世博园献上了一道“水清、岸绿、鱼游”的动人图景。