取代当地物种以及改变水化学和当地食物链的外来物种入侵次数的增加极大的影响了淡水系统，应当被视为一个水质问题（卡尔和尼尔利，2008年）。在很多情况下，水生物种会出于娱乐、经济或其它目的而被故意引入远方的生态系统。很多时候，这些入侵都会大批杀死当地鱼群和其它水生生物，而且它们还能让当地水质退化。其它一些物种会随着休闲船只的船身或在商业船只运输时随船底污水无意的入侵或转移过来。例如，像斑马纹贻贝（拉丁学名：Dreissena polymorpha）和斑驴贝（拉丁学名：Dreissena bugensis）等入侵物种已经破坏了当地生态系统，改变了营养循环以及让当地物种濒临灭绝的边缘。斑驴贝尤其还会严重威胁人类的基础设施、阻塞水泵和入水口、填塞河道，造成耗时耗钱的维护问题。

　　在南非，入侵的植物物种改变了当地水质，也通过增加流域蒸发率从而改变了当地水量。据南非水利森林部称，入侵的外来物种每年给国家经济造成几十亿兰特的损失，是该国生物多样性的最大单一威胁。自1995年成立以来，“水计划工作组”已经清除了100多万公顷的外来入侵物种，同时每年还为社会最边缘的大约2万人提供就业机会和培训（SA DWAF 2009）。在美国，有些贝类的入侵每年给水力发电造成10多亿美元的额外成本，还破坏了当地生态系统（德·莱昂 2008）。

　　新出现的污染物

　　水中发现越来越多的新污染物是由以下两个原因造成的：工农业生产和家庭使用了新的化学物，它们能够进入和存留在环境中；另外，新的检测技术能够检测出越来越低的污染物含量。污染物进入环境有以下几种方式：有意图的和慎重的释放（如洒农药）；作为规范的或不规范的工农业生产的副产品；在化学品生产和储存过程中发生事故性泄露或溢出；作为生活垃圾（卡尔和尼尔利，2008年）。在农业生产时，喷洒农药过多以及长度运输造成这些污染物能够在距离最初使用点很远的地方被发现。

　　仅美国，每年商业上就要使用大约700种新化学物（斯蒂文森，2009年），而全世界每年要使用估计大约50亿磅（200多万吨）的农药（PAN 2009）。尽管这些新化学物的用途广泛，但对于它们的使用程度、运输以及最终存留地在很大程度上还不为人所知，因为直到最近，如果这些污染物在存留的环境中含量很低，现有的检测技术还不能将它们检测出来（卡尔和尼尔利，2008年）。

　　人工合成化学品被认为是内分泌干扰物。它就是新污染的很好的例子，而其对究竟对水质、人类健康和环境的那些方面产生威胁以及后果是什么，人们还不是完全清楚。内分泌干扰物——能够干扰荷尔蒙分泌的化学物——已经在农业、工业和家庭以及个人护理产品，包括杀虫剂、消毒剂、塑料添加剂以及避孕药等药品物质中发现了。很多这些内分泌干扰物伪装成或阻碍身体中的其它荷尔蒙，在早期发育阶段，干扰了内分泌系统和响应生命体内分泌信号的器官的发育；这些发育受到的影响是永久的和不可逆转的（科尔伯姆，1993年）。内分泌干扰物对于野生生物的影响包括鸟蛋蛋壳变薄、亲职行为缺乏、肿瘤增生等其它（卡尔和尼尔利，2008年）。例如，生活在污水处理厂下游的鱼类雌性化问题长期以来都与雌激素药品污染有关（桑普特，1995年），而且最近研究也将两栖动物的雌性化与除草剂等内分泌干扰性农药联系起来（海耶斯等人，2006年）。

　　尽管这些化学物对人类和人类发育的影响知之甚少；但是，动物研究结果有理由让我们表示担忧，哪怕化学物的剂量很小，都是有影响的。另外，有研究表明这种影响会扩大到一些暴露的个体，尤其是会影响到怀多胎儿的孕妇和母乳喂养的婴儿。最近发表的报告表明某些内分泌干扰物会通过改变遗传物质和其它遗传组织造成多代影响（ES 2009）。

　　药品和个人护理产品也越来越让人担忧。这些化学物产自如化妆品、清洁品和除污剂等产品以及从止痛药和抗抑郁药到激素替代疗药和化疗药等药品（卡尔和尼尔利，2008年）。由于没有污水设备能够进行处理，所以它们会进入环境和水道中（卡尔和尼尔利，2008年）。虽然目前水道中存留的低含量物质还没有造成严重的健康问题，但是它们可能会给人类和野生动物的性能和繁殖行为带来轻微影响（卡尔和尼尔利，2008年），而且它们还可能会和其它内分泌干扰物形成连带效应。举例来说，一项研究发现，某种浓度的四环系抗菌素会对水生细菌产生重大的负面影响（维尔马等人，2007年）。为解决这些不确定性还需要进行新的研究。

　　除了新出现的化学污染物，新出现的病原体也会带来威胁。这些病原体首次出现在人类之中，或者以前出现过，现在发生率在增加，再或正在扩大到从未报道过发生的地区（WHO 2003a）。与水有关的疾病不仅依然是全球发病率和死亡率的主因，而且几项研究已经证实疾病的种类正在扩大，而很多与水有关的微生物性疾病的发病率正在增加（WHO 2003a）。

　　病原体的出现究于多种原因，有新环境或环境条件的变化，如大坝和灌溉工程；使用新技术；科学进展，如抗生素、杀虫剂和农药的不当使用导致病原体抗药性等（WHO 2003a）。近些年来，有96大类175种传染原被划分为新出现的病原体（WHO 2003a）。新病原体的出现及其发病率的增加也威胁着水质。（孙磊 译）