比较种群内各种群间尽可能多的基因频率分布，可定量计算出各基因位点数，各位点的等位基因数以及各等位基因出现的频率。从而了解其整个物种的遗传变异情况。

自然种群高水平的遗传多样性的存在是种群稳定的物质基础。

这一研究对培育优质、稳定、高产和抗逆性强的品种，达到高效的育种目标有重要意义。

动物方面是薄弱环节。

是保护珍稀濒危生物物种的重要途径。

研究极端环境（如高温、荒漠、沼泽、盐碱地、温泉等）条件下，生物的特征（形态、结构、生理生化变化、生殖特性和生活周期等）与其遗传特性的内在关系，从而建立物殊性状外源基因库，以利于对特殊生境的充分利用，并培育出适应特殊生境的新品种。