(1)各类生物气候带生态系统的研究：研究热带、亚热带、温带、寒带及其各极端环境区域的种种生态系统中的生物种类、多度、频度、结构及其生存环境间的相互关系，以及关键种的确定、种群特征及种间关系，以及生态系统演化及其人类经济活动的关系。

(2)特殊地理区域的生态系统多样性的研究：如青藏高原、西南地区的横断山区和喜马拉雅山东缘地理分布规律、生物区系演化及其与人类经济活动的关系。

(3)农业区域生态系统多样性的研究：各种农业区域生态系统的生态地理环境特征，农林牧副渔综合开发利用，各农业亚系统中物种的配置、物种的选择、最佳空间多层利用等。

(4)岛屿、海岸和湿地生态系统多样性的研究

(5)生态系统多样性保护与持续开发利用的探讨

(6)自然生态系统的保护：自然生态系统是指那些原生的、人为干扰较小的自然景观生态系统、原生森林生态系统、冰川地质地貌生态系统、原生湖泊生态系统等。