水体中污染物浓度自然逐渐降低的现象称为水体自净。水体自净机制有三种。

(1)物理净化

物理净化是由于水体的稀释、混合、扩散、沉积、冲刷、再悬浮等作用而使污染物浓度降低的过程

(2)化学净化

化学净化是由于化学吸附、化学沉淀、氧化还原、水解等过程而使污染物浓度降低。

3)生物净化

生物净化是由于水生生物特别是微生物的降解作用使污染物浓度降低。

水体自净的三种机制往往是同时发生，并相互交织在一起。哪一方面起主导作用取决于污染物性质和水体的水文学和生物学特征。

水体污染恶化过程和水体自净过程是同时产生和存在的。但在某一水体的部分区域或一定的时间内，这两种过程总有一种过程是相对主要的过程。它决定着水体污染的总特征。这两种过程的主次地位在一定的条件下可相互转化。如距污水排放口近的水域，往往总是表现为污染恶化过程，形成严重污染区。在下游水域，则以污染净化过程为主，形成轻度污染区，再向下游最后恢复到原来水体质量状态。所以，当污染物排入清洁水体之后，水体一般呈现出三个不同水质区：即水质恶化区，水质恢复区和水质清洁区。