本书以环境微生物工程所涉及的环境微生物学基础和环境微生物工程实例为基本内容，相关的实验技术和工程技术贯穿其中，同时阐述了某些环境微生物工程最新的研究与应用成果，为从事环境微生物工程的基础研究和应用实践提供了技术思路和方法。

《环境微生物工程》一书是高年级本科生专业课教材，全书共分为11章。以基础理论和治理工程的内容为两大主体，有关的实验和工艺技术贯穿其中。微生物在污染治理工程中的高新技术和常规处理工程技术发展迅速。在该书中，从不同角度描述了高效菌株驯化、诱变、筛选和构建的理论与操作，常规处理工程的自动化控制与原位测量，生物修复工程产业化建立和微生物监测环境污染的生物指标使用等等的发展情况。本书侧重于基础理论和工程的教学内容，有关的实验技术和工艺技术内容仅作为沟通基础理论和治理工程之间的渠道。