针对扎龙湿地保护存在的种种问题，有关专家指出，扎龙是我国最大的以鹤类大型水禽为主体的珍稀鸟类和湿地生态型自然保护区，应对其实施系统保护工程。

　　建立保护联盟

　　目前，扎龙自然保护区管理处于分割状态，各市县共同管理使现有湿地资源被分割和隔绝，最明显的是上游水丰，下游缺水，保护步调不一致现象十分突出。原本一体化的水域被肢解，彼此衔接不上，生态廊道消失，湿地生态的多样性遭到毁灭性打击。

　　应建立强有力的湿地保护联盟，涉及的一市五县应加强合作，科学部署对湿地的规划和管理，消除地方保护主义和为经济小利不顾大局的观念。

　　减轻人为干扰

　　扎龙自然保护区面临多种人为破坏。301国道横穿保护区中央，机动车辆产生的噪声、尾气极大地影响了丹顶鹤的栖息。作为工业废水和生活污水的承泻区，湿地淤积严重，水质污染加剧；无限制地捕捞、采苇，使湿地的生物资源被过度利用，鸟类食物减少，栖息屏障遭到破坏。

　　应在301国道两侧多植柳树，减轻噪声对鸟类的惊扰，设置禁止鸣笛、禁抛垃圾的标志；清理生态区内的设施与建筑，限期迁出核心区内的居民，对周围承包的水面、苇塘、开发的荒地，要认真清理，限期还湿。取缔在湿地的狩猎、捕捞、大面积违规采苇活动，对现有大型建设工程及时采取补救措施，并及时处理区内生活垃圾。

　　涵养湿地水源

　　维持扎龙湿地生态平衡需要4亿立方米水，但现在只有1亿立方米，湿地存水极度贫乏，盐碱化、荒漠化、湿地荒火严重威胁着保护区。不断发生的湿地火灾使苇根严重受损，恢复需要3至5年的时间。由于食物减少，丹顶鹤面临迁移或无家可归的困境。

　　政府应给“引嫩工程”以财力支持，补1亿立方米嫩江水需百万元，这笔钱应有出处。应对乌裕尔河上游进行整治，改变截水截流的现状，并在干旱的年份，在上游以及湿地周边合理设置人工降雨点。

　　中水引入湿地

　　此外专家们还建议，与其每年都拿出巨资从干渠补水，不如先拿这部分资金在湿地周围的城区兴建污水处理厂，把汇集的城市生活污水处理后注入湿地，如投资2亿元，则完全可以建成日处理量5万吨以上的大型城市污水处理厂和输水干渠。年注入量可达1800万立方米。这样可以获得稳定的补水水源，不受季节气候影响，资金上也可一劳永逸，不必年年拿出巨资的补水费。湿地对污水具有生物净化作用，可有效涵养水源，解决城市污水达标排放的问题。