在斯坦因、普尔热瓦尔斯基等人的记述中，马鹿是这些欧洲探险家在塔里木盆地穿行中遇见最多的野生动物。有资料显示，即使在上个世纪80年代，塔里木野生马鹿也有1．5万头，但新疆马鹿遗传与形态学特征及其保护问题研究课题组的最新调查结果却显示，目前塔里木野生马鹿种群数量已不足500头。

　　在过去几年的实地考察中，课题组在塔里木盆地经常几个月见不到一头野生马鹿。课题组负责人、新疆大学生命科学与技术学院博士生导师马合木提·哈力克说，马鹿虽然是国家二级保护动物，但人类对其捕杀行为至今仍未禁绝。但他同时指出，野生马鹿栖息环境恶化也是数量剧减的重要原因之一。

　　马合木提·哈力克教授认为，塔里木野生马鹿数量急剧减少是在上个世纪50年代以来塔里木盆地大规模水土开发的背景下发生的。由于人类垦殖活动增多，生性胆小、警惕性极高的野生马鹿的活动区域迅速缩小，目前塔里木野生马鹿已被分割成且末、尉犁和沙雅三个完全孤立的种群。

　　为了灌溉大量新开垦的耕地，人们不得不在塔里木河流域上游和中游地区大规模修渠引水，注入下游的水量逐年减少，甚至出现下游320公里断流，造成大面积沙漠化，完全隔绝了分处且末和尉犁的两个野生马鹿种群。而由于塔里木河两岸开荒不止，栖息在新疆沙雅一带的野生马鹿也无法与其他两个种群发生任何联系。

　　马合木提·哈力克教授表示，野生马鹿种群之间被人类活动和恶劣的环境完全隔绝后，近亲交配的几率已经非常高了。他说：“结果只能是野生马鹿的繁殖和生存能力都大大降低，使种群数量进一步减少。”

　　尽管从本世纪初开始，国家陆续投入巨额资金恢复塔里木河下流生态环境，但种群被分割的现状仍没有改变，野生马鹿的数量也不可能在短期内恢复。

　　马合木提·哈力克说，大型哺乳动物的种群数量降至1000头以下时，就属于濒危物种。他说：“如果再不提高马鹿的保护级别，并建立专门的保护区，50年后，人类恐怕只能在照片上看到塔里木野生马鹿了。”