（三）、下游和河口区的生态环境问题较多
    长江下游及河口区，工农业十分发达，是沿海最重要的经济中心，长江口及其近海还是我国重要渔场。该区突出的生态环境问题有以下几点。
    水质污染严重　目前长江干流水质总体仍然良好，但岸边水域已受到污染，少支流的污染已相当严重。沿江城市几乎都面临水体污染的严重挑战。苏州、无锡、常州等城市目前已有80％的水体受污染，农村河网地区出现质量性缺水现象。上海每天约有 1000万 吨工业废水和生活污水排入江河，致使黄浦江水质严重恶化，近年来每年黑臭期达5个月之多。由于黄浦江清洁水源不足，治理水污染，寻求新水源成为上海市工农业生产和人民生活中的重大问题。
    河口及三角洲侵蚀与淤积　目前，上海市有449．7千米岸线，其中侵蚀岸线占48 4％淤积岸线占37。9％。上海市现有险工岸段63千米。江苏省江北岸也约有100多千米岸线属侵蚀岸线。长江输送巨量泥沙河口淤积，形成拦门沙和水下三角洲，通海航道每年要耗巨资疏浚。河口在继续向外延伸，近20余年来，海岸每年向外延伸50米左右。
盐水入侵与土壤盐渍化　　河口段盐水入侵，一般发生在枯水期（11月至次年4月），盐水入侵北支较南立严重，已基本不能引水灌溉。大大超过饮用水标准。盐水入侵已给长江口两岸，特别是上海市的工农业生产和人民生活带来严重危害。1978年冬至1979年春特枯水年，盐水入侵造成上海市44个工厂直接损失逾1400万元，间接损失难以估量。长江口沿岸盐渍化土地面积约23．3万亩。局部地区由于盐水入侵，排水条件差，土壤盐渍化有扩大趋势。
    鱼类资源衰减　　长江口及其邻近海域是我国的重要渔场。由于捕涝过度和近海区污染，鱼类资源逐年减少。传统渔业的捕捞对象如大、小黄鱼、带鱼和娼鱼等经济价值较高的鱼类，不仅数量锐减，而且平均个体重量小，渔获物质量降低。近年来，虽然采取措施实行人工放养，但环境恶化，水污染严重，仍不能解决根本问题。

    （四）、水资源污染继续加剧
    1999年中国环境状况公报指出，长江流域的水资源和大气资源已经受到比较严重的破坏。虽然长江流域干线水质好于支流，但主要城市河段岸边水域污染严重，对沿岸饮用水构成威胁。全流域水质符合地面水2类标准的区段只有4．2％ 3类占29％，4－5类占40%。湖泊的污染也比较严重，如滇池的氮污染严重，太湖高锰酸盐指标较高，严重富营养化使生活于其中的水生物濒临完全灭绝的境地。长江流域城市的污染程度高于全国平均水平。下游的上海污染物排放密度最高：分项看，流域内废气和‘二氧化硫’烟尘的排放密度也都高于全国平均水平。长江中上游的大气污染也相当严重，空气中的二氧化硫浓度和酸雨频率均超标。1999年，重庆、贵阳、宜宾三市大气中的二氧化硫浓度位于全国前三名。酸雨不仅污染河水，严重损害农作物，使大片水稻秧苗变黄、林木焦枯，还会腐蚀金属构件和机械，缩短机器使用寿命，对工农业和人类危害都很大，被称为“空中死神”。据环保部门估算，它给长江流域造成的直接经济损失年达150亿元以上。流域内大部分地区的非达标废水排放密度高于全国平均水平，如上海、江苏、四川、安徽和浙江均超过4万吨／平方公里。根据1999年的统计，长江流域整体的平均废水处理投资率、工业废气、二氧化硫及烟尘处理率均低于全国平均水平。以武汉为例，一个几百万人口的工业城市，  只有三个污水处理点，全部的污水、废水源源不断地倾入长江，这样的污染所带来的生态环境破坏、经济损失是无法估量的。水是长江流域的血脉，可持续发展的基础，水资源的保护与治理不仅影响到当代的生存发展，更影响到子孙后代的生存发展。如不及早给予重视，采取措施，对长江流域的水资源采取综合保护与治理，而任其污染浪费，长江流域的发展将无以为基。