中国在湿地保护和合理利用方面虽然取得了很大成绩，但由于人口众多，资源长期过度消耗。随着湿地的开发、污染加剧，天然湿地急剧减少，湿地功能和效益不断下降，面临着严重的威胁。

1.对湿地的盲目开垦和改造

盲目的进行农用地开垦、改变天然湿地用途和城市开发占用天然湿地直接造成了中国天然湿地面积消减、功能下降。据不完全统计，中国沿海地区累计已丧失滨海滩涂湿地面积约119万公顷，另因城乡工矿占用湿地约100万公顷，两项相当于沿海湿地总面积的50%。全国围垦湖泊面积达130万公顷以上，由于围垦湖泊而失去调蓄容积350亿立方米以上，超过了我国现今五大淡水湖面积之和，因围垦而消亡的天然湖泊近1000个。昔日“八百里洞庭”的洞庭湖已从40年代末期约43万公顷，减少至目前的约24万公顷，水面缩小40％，蓄水量减少34％。鄱阳湖因围垦损失库容45.22亿立方米，建国初至七十年代每年因围垦减少湖泊面积逾4000公顷。围垦恶化了湖区的水情，直接减少了对江河供水调蓄的容积，使洪水出现频率升高；而广大圩区的涝渍水反而还要向河湖排放，又加大了江湖调蓄压力，更增加了洪涝灾害风险，已经成为制约湖区经济发展的心腹之患。

中国的沼泽湿地由于作为泥炭开发和农用地开垦，面积急剧减少。三江平原原是中国最大的平原沼泽分布区，据统计，1975年三江平原自然沼泽面积为244万公顷，占平原面积的48%；1985年沼泽面积下降到150万公顷, 占平原面积的29%；到1990年沼泽面积仅剩113万公顷，仅占平原面积的22%。该区域随着自然湿地面积的逐渐减小，湿地生态功能明显下降，生物多样性降低，出现生态环境恶化现象，如风蚀加重、土壤局部沙化、盐渍化、水土流失加重、旱灾次数增多等等。

围垦与湿地用途的改变，还使水生生物丧失了栖息空间，渔业生产、湿地经济植物的种植失去了发展场所，对渔业资源的破坏也相当严重。

2.生物资源过度利用

中国重要的经济海区和湖泊，酷渔滥捕的现象十分严重，不仅使重要的天然经济鱼类资源受到很大的破坏，而且也严重影响着这些湿地的生态平衡，威胁着其它水生物种的安全。中国许多海域的经济鱼类年捕获量明显下降，渔捕物的种类日趋单一、种群结构低龄化、小型化。在内陆湿地生态系统中，生物多样性受到严重威胁。如白鳍豚、中华鲟、达氏鲟、白鲟、江豚已成为濒危物种，长江鲟鱼、鲥鱼、银鱼等经济鱼种种群数量已变得十分稀少；湿地水禽由于过度猎捕、捡拾鸟蛋等导致种群数量大幅度下降，特别是在鸟类迁徙季节，一些人使用排铳、地枪、农药等方法，不择手段地进行猎取，严重破坏了水禽资源。中国的红树林由于围垦和砍伐（木材、薪柴）等过度利用，天然红树林面积已由50年代初的约5万公顷下降到目前的1.4万公顷，已经有72％的红树林丧失。红树林的大面积消失，使中国的红树林生态系统处于濒危状态，同时使许多生物失去栖息场所和繁殖地，也失去了防护海岸的生态功能。珊瑚礁是中国南部海域最富特色的景观和自然资源，多年来由于无度、无序的开发，已使珊瑚礁受到严重破坏。海南是中国最主要的珊瑚礁区之一，由于过度开采，约有80%的珊瑚礁资源被破坏，文昌市部分海岸线近十年已经向陆地一侧后退约230米，年均岸线侵蚀后退20米。其结果不仅对依赖珊瑚礁生存的海洋生物造成严重影响，同时也使其丧失了护岸功能和旅游等经济、社会价值。

此外，沼泽湿地中的泥炭资源、北方沿海的贝壳砂以及沙岸，也都因过度或不合理开采而受到破坏。

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